อาภากร อยู่คงแก้ว เป็นบุตรคนที่ 6 ของนายนัด กับนางบุญสม อยู่คงแก้ว มีพี่น้อง 8 คน[ต้องการอ้างอิง] สมรสกับศศิวิมล (สกุลเดิม แก้วปาน[29]) อดีตทีมงานสารคดี "ส่องโลก" และ "หลายชีวิต" ของสันติธร หุตาคม[30] ปัจจุบันเป็นผู้บริหารบริษัท ซี แอร์ แลนด์ โปรดักชั่น จำกัด ซึ่งผลิตสารคดี "สำรวจธรรมชาติ On the World" ออกอากาศทาง ททบ.5 และเป็นผู้ดูแลเพจ "Thai NavySEAL"[4][30] มีบุตรด้วยกัน 1 คน[31]